고추의 개화 결실의 한계기는 보통 개화 후 45∼50일정도 (적산온도 1000∼1300℃) 되어야 착색이 되고 성숙해진다. 따라서 우리 지역은 8월 하순까지이며 붉은 고추는 색깔이 진홍색으로 변하고 과실 표면에 주름이 생겼을 때에 매운맛인 캡사이신 성분이 가장 많아 이때가 수확적기 이며 수확기가 늦으면 탄저병균의 침투로 수확 후 건조 과정에서 탄저병 증상이 발생되어 수량이 감소하므로 반드시 수확은 과실이 건조된 상태에서 하지말고 착색이 되면 빠른 시일 내에 수확을 해야한다.

고추의 손실을 줄이기 위해서는 후기의 병해충 방제를 철저히 실시하고 토양습도를 적당하게 유지함으로써 과실의 비대를 촉진시키고 80% 이상 붉어진 고추는 즉시 수확하여 나머지 고추의 숙기를 촉진시킨다.

이때 완전히 착색되지 않은 과실을 건조하면 희나리가 발생하므로 반드시 2∼3일정도 후숙하여 착색시킨 다음에 건조해야 한다. 고추를 많이 수확하기 위해 거름기가 부족한 밭에서는 웃거름을 8월 하순경에 요소와 염화가리를 300평당 각10kg씩 추가로 주고 요소 0.2%액 또는 4종 복비를 4∼5일 간격으로 2∼3회 엽면시비 한다.

건조 요령에는 천일건조, 비닐하우스이용건조, 화력건조 등의 방법이 있으며 고추를 잘못 건조하면 외관상 고유의 색깔이나 형태를 잃게 되고 마른 고추로서의 매운맛이 떨어져 상품가치를 잃게되어 경제적인 손실을 가져오므로 건조과정에 특히 유의해야 한다.

비닐하우스 건조 요령은 지면에서 올라오는 수분을 막기 위해 비닐을 깔고 하우스는 온도가 높고 습기가 높지 않도록 해야하며 35∼40℃를 유지시키고 얇게 펴서 말리며 자주 뒤집어 주어야 한다.

화력건조 요령은 고추를 건조기에 넣고 흡입구를 막아 초기온도를 65℃에서 5∼6시간 건조한다. 그후 버너를 끄고 습도조절기를 완전히 열어 건조실내의 습기를 단시간 내에 제거한 후 온도를 60℃로 조절하여 7∼8시간 건조한 후 온도를 55℃ 정도로 내려 16∼17시간 건조시킨다.

건조가 80% 정도 진행되면 건조실에서 꺼내어 2일정도 햇볕에 말려 종자 부위까지 완전히 건조되었는지 확인한 후 저장한다.

고춧가루를 목적으로 하는 건조법에는 고추를 반으로 잘라 60℃에서 건조하면 원형으로 건조하는 것 보다 시간이 1/2로 단축되고 고추의 붉은 색소인 캡산틴 함량이 천일건조보다 오히려 높다.

고추 저장 요령 중 상온 저장은 마대나 PP포대에 20kg씩 넣어 습기가 적고 환기가 잘되며 햇볕을 차단할 수 있는 저장고를 선택하여 저장하는데 고춧가루를 저장할 때는 0.1mm 비닐주머니에 완전히 밀봉하여 햇볕이 받지 않는 곳에 저장한다.

고온다습기인 7∼8월경에는 외기 습도의 영향으로 수분함량이 증가됨으로 수시로 저장상태를 조사 수분함량이 18%이상(손으로 만져 눅진할 경우)되거나 곰팡이 발생의 염려가 있다고 판단될 때 그늘에 말려 14% 이하가 되도록 건조시켜야 한다.

저온저장은 수분함량이 14%로 잘 건조된 고추를 온도 0∼2℃, 습도 65∼70%에 저장하며 저장 중 창고 내 습도가 높아 수분함량이 18%이상 올라갈 때는 상온에서와 같이 그늘에 말린 후 저장한다.