화학비료에 의존하는 일반 농업이 미생물 제재 등으로 토양을 개량, 양분을 공급하고 있는 친환경 농업에 우선하고 있어 친환경 농업에 대한 정책적 배려가 아쉽다는 지적이다. 유기농업 등 친환경 농업을 실천하는 농민들은 친환경농업만이 수입 농산물 홍수시대에 살길이라고 구호를 외치고 있지만 실질적인 지원은 이와 상반되고 있다고 주장하고 있다.

일반 농가들에게 화학성분이 포함된 비료 등을 공급할 경우 친환경 농업을 하는 농가들에는 이를 대신할 수 있는 친환경 영농자재를 공급해야 하는데 균등 행정이 집행되지 않고 있다. 실제로 최근 보은군은 1억4200여만원을 투입해 규산질 비료 8만9050포대를 구입하고 1억1600여만원을 투입해 소석회 1696톤을 구입, 각 농가에 공급했다.
　
또한 매년 도열병이나 멸구 등 벼 병해충이 극심해지기 전 농가에 약제를 공급해 공동방제를 실시하고 있으나 농약을 사용하지 않는 친환경 농가들에게는 관계가 없는 정책이 되고 있다. 특히 질소질 비료와 농약 사용을 규제하기 때문에 정부가 무료로 공급하는 비료와 농약을 사용하면 한 해 농사가 가능할 정도다.
　
이와는 달리 친환경 농업의 경우 농가에서 직접 미생물을 이용해 비료와 영양제를 만들어 사용하거나 흙살림을 통해 제품을 구입하고 있으나 친환경 농자재에 대한 보조가 없어 농민들이 비싼 가격에 구매, 이에따라 친환경 농업을 하는 농가들은 토양 개량제나 벼 병해충 공동방제시 농가에 무료로 제공되는 것 만큼 친환경 농자재에 대한 보조로 형평성을 맞춰야 한다고 주장하고 있다.