수질오염 등 환경오염에 대한 국민들의 인식제고와 경각심이 촉구되는 가운데 재생용과 폐기용 생활쓰레기의 분리수거가 홍보부족과 주민들의 인식부족으로 실효를 거두지 못하고 있다. 현재 보은읍, 내속, 마로, 삼승, 회북, 내북의 27개리를 특별 청소구역으로 지정, 청소차 4대와 미화요원 36명을 동원해 쓰레기를 수거하고 있다.

그나마 분리수거가 잘 되고 있다는 보은읍과 내속리면은 불연성과 가연성으로 규정해 놓고 있지만 연탄재와 기타로 분리 수거되고 잇는 형편이고 그외의 지역은 분리수거에 대한 당국의 홍보부족과 주민의 인식부족으로 일괄 수거되거나 하천변에 버려지고 있어 오염의 문제점으로 지적되고 있다. 특히 수거된 쓰레기는 재생, 폐기의 분리없이 수한면 교암리의 쓰레기 매립장에서 소각 일괄 매립함에 따라 자원의 낭비도 초래하고 있다.

따라서 뜻있는 주민들은 "각종 홍보매체를 통해 쓰레기 분리수거의 중요성과 주민들의 계도가 필요하다" 고 지적했고 이에 대해 군에서는 예산을 책정, 분리수거를 할 수 있는 비닐주머니를 제작 배포할 예정인 것으로 알려졌다. 한편 올해 말까지가 시한인 교암리 쓰레기 매립장이 수용한계를 넘어, 쓰레기 매립장의 이전을 둘러싼 진통을 겪고 있다.