독립 채산제로 운영돼고 있는 각 읍·면 농협이 심한 이농현상에 따른 조합원의 감소와 타 조합의 업무확장으로 재정적 어려움이 가중되자 영세한 농협은 통합해서 운영해야 된다는 의견이 논의되고 있다. 군내에는 농협중앙회 지부 1개 소와 10개의 농협이 있는데 농협의 조합원 현황을 보면 89년 12월 현재 1만1백65명이었던 것이 90년 12월 통계로는 1만71명으로 94명의 조합원이 감소한 것으로 나타났다.

한편 축협의 판매, 구매, 금융 업무와 신협, 마을금고 등의 금유업등 수익성사업운영으로 이들 단체의 사세가 점차 신장되고 있는데에 따라 각 농협에서는 기존의 고유업무였던 판매, 구매, 금융업이외에도 농기구 수리센타, 주유소 운영, 장재사업등 각종 수익성사업을 벌여 재정적 어려움 해소를 위한 돌파구를 나름대로 모색하고 있다.

조합관계자들은 "농협의 사업이 점점 다양해지고 있지만 조합원들의 농협탕퇴가 앞으로도 계속 증가될 것으로 봐서 자립기반이 약한 농협들은 서로 통합시켜 조합기반을 공고히 해야할 것"이라며 "지역을 고려한 부분 통합이나 보은읍 조합으로 군내 전 농협이 통합될 경우, 기존의 조합규모보다 커져 조합원에 대한 환원사업도 내실을 기할 수 있을 것"이라고 말한다.

현재 보은에는 회남과 회북면이 통합되어 회인농협으로 운영되고 있고 이웃하는 옥천농협은 군북면과 군서면, 동이면이 옥천농협으로 합병 운영되고 있어 경영의 내실을 기하고 있는 것으로 알려졌다.