보은군의 행정 기구에 대한 진단 후 개편이 필요하다는 지적이다.
일부 부서의 경우 업무가 과중해 제때 일을 처리하기가 어려운가 하면 일부 부서의 경우는 다소 여유가 있어 업무에 나름대로 능률을 기할 수 있다는 것. 그런가 하면 일부 부서는 기구 자체가 비대하고 일부 부서는 빈약, 청내 공무원들조차도 새 판을 짜야 하다는 의견을 제시하고 있다.

이는 개혁의 일환으로 공무원 수를 크게 감원, 공무원 1명당 담당 업무가 크게 증가한데 따른 것으로 어느 부서나 마찬가지이지만 그 중에서도 업무과중이나 업무가 한적한 부서가 발생했다. 현재 보은군의 행정 기구는 2실 8과와 함께 의회사무과가 별도 기구로 운영되고 2개 직속기관과 1읍 10개면으로 구성되어 있다. 이중 부서별 업무를 부여, 업무를 분장하고 있어 전체적으로 과별 담당 사무로 보면 업무의 과중, 편중 등의 폐해는 없을지 모르나 상황에 따른 업무가 새로 생기고 유사업무가 발생함으로 인해 일부 부서의 경우 업무 과중에 처해 있는 실정이다.

또한 담당 사무가 많더라도 업무처리가 비교적 쉬워 업무를 효율적으로 운영하는 부서가 있는가 하면 담당 사무가 적더라도 한 개의 업무가 1개 담당 부서(계) 전체 업무의 비중과 맞먹는 경우도 있어 이에대한 적절한 진단은 반드시 필요하다는 것. 환경과의 경우 환경 사업소의 민간 위탁과 읍·면 업무의 군 이관으로 인해 청원경찰을 포함, 56명이나 된다. 환경관리 부서, 환경 미화부서, 물관리 부서, 상수도 부서, 하수도 부서 및 쓰레기 처리장과 각 취수장까지 총괄하고 있다.

이로인해 관리자가 직원 개개인의 특성을 파악하고 관리하는 데에도 어려움이 따를 뿐만 아니라 환경법의 강화로 인한 업무가 크게 늘어난 실정이다. 문화관광과의 경우도 심각하다. 실제 4개 부서로 구성되어 있지만 관광지역인 여건으로 인해 기존 계속 사무 및 시책적으로 추진하는 사무 외에 공약 사업뿐만 아니라 관광 경기 활성화를 위한 각종 사무를 새로 발굴 추진함으로 인해 청사 내에서도 불을 가장 늦게 끄는 부서중의 하나이다.

이로인해 군청 업무의 무게 중심이 기획감사실에서 문화관광과로 옮겨졌다는 평가가 공무원들 사이에서도 나오고 있는 형편이다.
1읍면 1공원화 사업 등 관광업무가 복합되고 있는 농림과도 마찬가지 상황에 있으며 이들 부서 외에도 업무 과중으로 인한 효율을 기하지 못하는 부서가 상당수다. 이들 부서의 공무원들은 시간을 효율적으로 쪼개서 새로운 시책을 개발하거나 업무 처리속도에 가속을 붙이는 등의 업무의 효율을 기하지 못하고 있다는 불만을 표출하고있다. 따라서 전체적으로 조직진단에 따른 효율적인 기구 개편으로 군정업무의 능률을 기할 수 있도록 해야한다.