내년부터 2001년까지 실시될 예정인 과학영농 특화지구 2단계사업에 총 129억5200여만원이 투입된다. 환경친화적 고품질 청정 농산물을 생산할 예정인 2단계 사업에는 시설채소 환경개선 사업 및 고품질 과수육성, 보은대추 육성, 고추 다수확 재배시설, 생강단지 조성 장뇌삼 식재, 천마 재배육성 등 11개사업이다. 양액재배시설, 무인방제 시설등 시설채소 환경개선 사업에 7억7000만원을 투입하고 탄부, 수한, 산외면지역에 집중 육성하고 고추 다수확 재배시설은 50ha에 30억여원을 투입할 예정이다.

내북면에 4ha의 생강단지를 조성할 계획인데 6000만원을 투입하고 버섯재배시설 현대화사업에는 1.6ha에 재배시설을 확충하고 주산단지내 영농조합을 육성하고 유통기능을 강화해 물류비용 절감을 통한 농가소득증대를 꾀할 계획이다. 가공공장과 직판장 등 유통시설을 확충하고 빗자루병 방제 및 시설 자동화, 토종대추의 확대보급으로 품질 경쟁력을 제고시킬 보은대추 육성사업에는 5억1200만원을 투자한다.

이외에 장뇌삼은 내북면에 6ha로 단지를 조성 1억2000만원을 투자하고 참죽나무 재배단지는 산외면에 9ha를 조성하고 2억7000만원이 투입되며 5ha에 30억원이 투입되는 천마재배사업은 회북·내북·내속 지역에 단지를 육성시킬 계획이다. 또 고품질 과수 육성 사업은 사과, 배, 복숭아, 포도작목 673ha에 과일저온저장고 10동, 사과 왜성밀식 50ha, 점적 관수 30ha, 덕시설 100ha, 과수 무인방제 시설 10ha, 유해 조류 방지시설 80ha를 설치할 계획인데 41억4400만원이 투입된다.

보은군은 96년부터 98년까지 1단계 과학영농 특화지구사업에 99억6900만원이 투입된바 있다. 1단계 사업에서는 대추, 시설 채소, 느타리 버섯, 표고버섯, 시설채소, 과수 유통 사업 등에 사업비를 집중 투자해 영농의 기계화 및 과학화를 통한 생산비 절감으로 농가 소득증대를 꾀해왔다.