정부의 농업지원기관에 대한 통폐합을 추진한다는 소식이 알려지면 농지개량조합 임직원 및 조합원등이 반발하고 있다. 최근 정부는 농업지원기관의 효율성 재고 및 구조조정 차원에서 농지개량조합과 농어촌진흥공사, 농조연합회등을 통폐합하겠다는 의지를 표명하자 전국 농지개량조합 임직원 및 조합원등은 반대서명운동을 펼치고 있다. 이에 농초측은 정부조직 및 산하단체 구조조정과 관련된 3개 기관의 통폐합은 농조의 구성원인 농민들의 뜻과 상반되고 수십조원에 달하는 농민자산을 국유화·공유화하는 재산권등의 법적 문제가 다른다고 주장하고 있다.

또 농지개량조합과 농어촌진흥공사는 각각 관리 주체와 사업의 주체로서 중복되는 사업이 없으며 민간 법인체와 정부투자기관을 통폐합한다는 것은 현실성이 없는 개혁안이라고 덧붙이고 있다. 이에 보은농지개량조합의 한관계자는 "농민 자조 조합인 농지개량조합을 일부 근거 없는 업무의 중복기관이라는 것만으로 정부기관과 통합하려는 것은 농민과 조합원을 우롱하는 처사" 며 "국가구조조정 차원에서 자체 조직을 정비하고 체질을 개선해 적정규모로 통합하는 현실성 있는 구조조정을 해야 한다"고 말하고 있다.

현재 보은농지개량조합은 정부의 3개기관 통폐합에 반대하는 서명운동을 펼치고 있다. 또한 전국 1백5개 농조, 노조대의원등의 공동 대처로 정부가 추진중인 농업관련기관 통합에 관한 반대운동을 펼치고 있다. 한편 보은농지개량조합에는 6백여명의 조합원과 임직원 26명이 근무하고 있다.