대규모 축산농가에서 축산분뇨를 인근 농경지에 쌓아 놓고 방치, 비가오면 폐수가 흘러 수질을 오염시키고 있어 축산농가에 대한 지도관리가 강화되어야 할 것으로 보인다. 보은읍 성족리 ㅅ농장은 수백 두의 돼지를 사육하면서 여기서 나오는 분뇨를 비료로 사용한다며 비닐 덮개나 지붕도 씌어 놓지 않은채 3백여평의 밭에 쌓아 놓고 방치시켜 놓고 있다. 또, 내속리면 하판리 부근의 한 농장에서도 역시 덮개를 씌우지 않은 분뇨가 방치비가 올 경우 여기서 나온 폐수가 인근 하천과 지하수를 오염시키고 있다.

그 외에도 많은 축산농가에서 분뇨를 적절히 처리하지 않고 지면 위에 그대로 쌓아 놓는 경우가 허다해 하다 못해 비닐덮개라도 씌워 수질오염을 방지하도록 축산농가에 대한 계도가 뒤따라야 할 것으로 보인다. 주민들에 따르면 "비록 소규모로 사육하는 축산농가에서도 퇴비로 사용한다며 분뇨를 쌓아 놓고 썩히고 있어 비가 오면 여기서 흐르는 물이 주변천을 오염시켜 악취가 진동하는 등 어려움을 겪고 있다"며 대책을 당부했다. 한편, 군 관계자는 "축산농가에서 퇴비로 사용하는 경우라도 반드시 덮개를 씌워 비를 맞지 않도록 해야하고 이를 어길경우 단속대상이 된다"고 밝혔다.