공익근무원에 대한 자치단체의 재량권이 전혀 없어 관리하는데 어려움이 따를 뿐만 아니라 이들을 효과적으로 활용할 수 없다는 지적이다. 현재 보은군에 배치돼 있는 공익근무 요원은 12개 행정기관에 26명으로 이들은 교통질서 계도 요원 3명, 산림간사 9명, 상수원 보호 2명, 병무업무 보조 12명이 복무하고 있다. 총 28개월간 복무하는 공익근무 요원은 4주간 교육을 받고 공익요원으로 배치되는데 징병검사시 병무청에서 아예 해당지역을 지정하기 때문에 공익 근무요원을 받는 행정기관에서는 지역실정에 맞게 이들을 재배치할 수가 없어 공익 수행에 효과를 거두지 못하고 있는 실정이다.

공익 근무 요원의 근무지 재치시 읍면별, 복무분야별 소요인원이 한정돼 있어 거주 읍면에 전원 배치할 수 있는 여건이 되지않아 거주지가 아닌 타 읍면에 배치하는 경우가 발생하고 있다. 그러나 농촌지역은 읍면간 거리가 멀 뿐만 아니라 시내버스 배차시간이 멀고 또 갈아타야 하는 불편이 따라 출퇴근에만 2시간 가량 소요되는 경우도 발생하는 형편이다. 실제로 지역실정을 잘 모르는 병무청에서 최근 산외면에 거주하는 요원을 삼승면으로 배치함에 따라 산외면에서 보은읍까지 나와 다시 삼승면행버스를 타야 하는 등 출퇴근의 어려움을 가져오는 결과가 나왔다.

이에 따라 이들을 총괄하는 군 담당부서에서는 복무 기관장이 필요하다고 인정하는 경우에는 복무 분야를 변경할 수 있도록 공익근무요원의 복무관리 규정을 개정해야 한다고 지적했다. 한편 현행 공익근무 요원의 복무 분야 변경은 공익근무 요원의 복무 관리규정 제 15조의 2 제4호의 규정에 복무기관의 조직개편 등으로 일부 인원이 배정분야 조정이 필요한 경우에 복무 기관장이 변경, 신청할 수 있도록 하고 있다.