우선 강우 시에는 축사주변 배수로를 정비하고 축사 내 강제 환풍장치 설치, 과습한 깔집 교체 등으로 과습을 방지하며 젖은 풀이나 부패된 사료는 금지해야 한다. 각종 질병에 대한 예방접종 실시와 소독약을 준비하고 침수가 된 축사는 깨끗이 청소한 후 소독약 살포로 수인성 질병을 예방하고 가축분뇨 처리시설에 빗물 유입 및 오수 방출을 예방해야 한다.
태풍 및 강우 후에 발생할 수 있는 고온 스트레스를 방지하기 위해서도 역시 과습한 깔짚 교체 등으로 축사 내 습도를 낮게 해주고 호흡기 및 설사병 발생을 없애기 위해 보온 조치와 항생제를 투여하고 침수된 가축은 피부병 예방을 위하여 가축 세척 및 소독을 실시한다.
또한 파리, 모기 등을 구제하며 구충제 및 축사주위 구서제(쥐약) 투여로 전염병을 방지하고 고온으로 인한 사료 섭취량 감소 및 생산성 저하 방지를 위하여 사료는 아침, 저녁 시원할 때 소량씩 여러 번 주고 비타민, 광물질 사료 보충 급여로 체력을 증진 시켜야 한다.
청소만으로도 오염균의 90%가 제거되므로 브러쉬로 닦아내고 물로 깨끗이 청소하며 물이 마른 후에는 소독제를 적절히 희석하여 표면이 완전히 젖도록 뿌려주고 축사 내 가축이 있을 경우에는 구연산 등 생체에 안전한 소독제를 사용하여 1주일에 1회이상 소독한다.
소독시에는 흙 및 바닥 소독에는 알칼리제를 사용하되 몸에 안 닿도록 주의하고 계류장 등의 표피층 흙은 긁어내고 충분히 젖도록 소독한다. 발판 및 차량 소독조는 발이나 차바퀴가 충분히 잠길 수 있도록 10cm이상의 깊이로 하며 주당 2-3회 교환해 주고 염기제제, 알데히드제 등 비교적 유기물에 강한 소독제를 사용하고 축종별 가축방역 관리요령을 습득 예방관리에 만전을 기해야 한다.
질병가축 발견 시에는 가축방역 기관에 신속한 신고와 고창증 및 일사병과 열사병 발생 시 즉시 가축을 시원한 곳으로 옮기고 전문가에 의뢰하여 해열제와 주사로 치료하고 가축질병 예찰활동 및 방역을 강화해야 한다.
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